Ministerstvo vnitra může datovou schránku zablokovat dokonce i zpětně. Vztahuje se to na tyto konkrétní případy:

·         Člověk, řekněme v tomto případě podnikatelský subjekt, zemřel. Vztahuje se to ke dni, kdy oficiálně zemřel, nebo byla-li jeho smrt oficiálně prohlášena rozhodnutím soudu, například v případě letecké katastrofy, kde nebylo nalezeno tělo.

·         V případě omezení nebo zbavení způsobilosti člověka k provádění právních úkonů, tedy ode dne nabytí právní moci tohoto rozhodnutí.

·         Schránka je deaktivována také tehdy, je-li dotyčná osoba vzata do vyšetřovací vazby, případně nastoupí-li k výkonu trestu nebo ochranného léčení.

·         Podnikatelé si datové schránky zřizují na vlastní žádost a ministerstvo vnitra je také deaktivuje na jejich vlastní žádost.

·         K deaktivaci datové schránky dochází ve lhůtě tří pracovních dnů od data podání žádosti o znepřístupnění schránky. Žádost k deaktivaci schránky může podat buď osoba, která si schránku nechala vytvořit, nebo tzv. Administrátor schránky.

·         Jestliže byla datová schránka deaktivována dvakrát v průběhu jednoho kalendářního roku, může být poté znovu aktivována teprve po uplynutí lhůty dalších dvanácti měsíců od data její poslední deaktivace.

·         Schránka musí být deaktivována také v případě neoprávněného zneužití přístupových údajů. V tomto případě jde tedy pouze o zablokování přihlašovacích údajů, tedy samotná datová schránka je stále v činnosti. Týká se to případů ztráty přihlašovacích údajů nebo jejich zcizení. Žadatel musí ztrátu nebo odcizení neprodleně oznámit Ministerstvu vnitra a to pak provede změnu přihlašovacích údajů, které klientovi opět odešle poštou do vlastních rukou. Pozor však na zpoplatnění této služby, jestliže v průběhu tří kalendářních let musí Ministerstvo vnitra odeslat žadateli nové přihlašovací údaje, účtuje si poplatek 200 korun.

·         Datová schránka je zrušena také do tří let ode dne ukončení podnikatelské činnosti, resp. ode dne vymazání z evidence.